Kleinste einheimische Fledermausart. Wurde erst in den 1990er-Jahren als eigene Art erkannt, bis dahin zu den Zwergfledermäusen gerechnet. Äußerlich sind die beiden Arten kaum voneinander zu unterscheiden, die Mückenfledermaus hat teilweise ein helleres Gesicht. Die beiden Arten rufen aber auf unterschiedlichen Frequenzen (Mückenfledermaus auf ca. 55 kHz, Zwergfledermaus auf ca. 45 kHz). Im Gegensatz zur Zwergfledermaus ist die Mückenfledermaus hier eher selten. Bildet große Kolonien (häufig mehr als 100 Tiere). Eher in tiefen Lagen, nahe von Gewässern.

Einzelnachweise im Siedlungsgebiet und bei der Limmat. Keine Wochenstube (Jungenaufzucht) in Zürich bekannt; Art nur bioakustisch nachgewiesen. Die nächsten Quartiere befinden sich in den Kantonen Luzern und Thurgau.

• Fassadenbeleuchtung: Die nächtliche Beleuchtung der Öffnungen, durch die Fledermäuse jeweils ihr Quartier verlassen, sollte vermieden werden, weil die Nachtjäger dann später ausfliegen. Und als Folge davon bleibt ihnen weniger Zeit für die Nahrungssuche.
• Netze: Fledermäuse können sich in Netzen, die über Obstbäumen oder Reben gespannt werden, verheddern. Diese werden so zu tödlichen Fallen. Deshalb sollten Netze nur wenn unbedingt nötig verwendet und nach Gebrauch wieder entfernt werden.
• Leimringe: diese in Eichen oder an Obstbäumen montierten Ringe zur giftfreien Schädlingsbekämpfung können, wenn sie ohne schützendes Gitter montiert werden, eine grausame Falle darstellen.
• Baumschnitt: Baumschnittmaßnahmen in den Sommermonaten sollten vermieden werden.
• Verletzungsrisiko Jalousiekasten: Da sich Mücken- und Zwergfledermäuse gerne in Jalousiekästen einquartieren, kommt es nicht selten zu Verletzungen, wenn der Bewohner des Hauses die Jalousien betätigt.